Program Studi Informatika merupakan salah satu program studi yang ada di Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta. Program Studi Informatika berada dalam rumpun Ilmu Formal (Formal Sciences) bergelar S.Kom mengacu pada Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 257/M/Kpt/2017 Tentang Nama Program Studi Pada Perguruan Tinggi.

Kurikulum yang saat ini berlaku adalah Kurikulum OBE tahun 2024 dengan paradigma integrasi dan interkoneksi. Paradigma integrasi interkoneksi ini merupakan konsep dasar sebagai acuan seluruh program studi di UIN Sunan Kalijaga, maknanya bahwa antara keilmuan agama dan keilmuan umum memiliki keterpaduan, interkoneksi, dan saling menyapa. Dalam hal ini, pengembangan keilmuan di Program Studi Informatika diarahkan untuk mencapai konsep keilmuan yang terpadu dan terkait antara keilmuan agama (an-nash) dengan keilmuan alam dan sosial (al-ilm). 

Program Studi Informatika di UIN Sunan Kalijaga berdiri pada tahun 2004 yang merupakan sebuah berkah atas adanya transformasi tahun 2004 dari IAIN (Institut Agama Islam Negeri). Dalam proses perjalanannya dalam meraih akreditasi dimulai tahun 2008 mendapatkan akreditasi C. dilanjutkan mengajukan re-akreditasi tahun 2013 mendapatkan akreditasi B dan selangkah demi selangkah namun pasti tahun 2017 mengajukan re-akreditasi kembali Alhamdulillah mendapatkan akreditasi A berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No. 2380/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2017. Pada tahun 2022, Program Studi Informatika mendapatkan akreditasi Unggul berdasarkan Keputusan LAM INFOKOM No. 104/SK/LAM-INFOKOM/Ak/S/XII/2022 yang berlaku sampai dengan 15 Desember 2027.

Prodi S1-Teknik Informatika juga telah terdaftar pada Pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PDPT) dengan kode Program Studi 55201. SK Selenggara Program Studi Teknik Informatika UIN Sunan Kalijaga adalah 3538/D/T/K-AI/2009.