Visi dan misi Program Studi (PS) Teknik Informatika sudah sejalan dengan visi dan misi Fakultas maupun Universitas. Visi, misi, tujuan dan sasaran PS yaitu “Unggul dan Terkemuka dalam Pemaduan dan Pengembangan Studi Keislaman dan Keilmuan dalam Bidang Teknik  Informatika bagi Peradaban Tahun 2026”

Pada tahun 2016 PS Teknik Informatika telah mengimplementasikan kurikulum 2016 berbasis KKNI, yang mensyaratkan jumlah sks lulusan sebesar 149 sks terdiri  137 sks wajib dan 12 sks pilihan. Kurikulum 2016 ini merevisi kurikulum 2013 yang berbasis kompentensi kemudian menjadi outcomes based curicullum (OBE)

Kurikulum yang dikembangkan pada Program Studi Teknik Informatika, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Sunan Kalijaga mengacu pada KKNI dan SNDikti dengan mengedepankan paradigma integrasi-interkoneksi. Paradigma integrasi interkoneksi ini merupakan konsep yang selama ini dipegang penuh oleh UIN Sunan Kalijaga, maknanya bahwa antara keilmuan agama dan keilmuan umum memiliki keterpaduan, interkoneksi, dan saling menyapa. Dalam hal ini, pengembangan keilmuan di Prodi Teknik Informatika diarahkan untuk mencapai konsep keilmuan yang terpadu dan terkait antara keilmuan agama (an-nash) dengan keilmuan alam dan sosial (al-ilm)  serta al-falsafah. dengan harapan akan menghasilkan sebuah lulusan yang berkualitas baik dari sisi hardskill dan softskill. Kurikulum PS Teknik Informatika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta mempunyai empat profil lulusan, diantaranya: System programmer, Network service supervisor, Database Administrator dan  Software Engineer.

Dalam rangka mencapai sasarannya, PS didukung 17 dosen tetap yang terdiri dari 14  dosen tetap yang keahliannya sesuai bidang PS, 3 dosen tetap yang keahliannya di luar bidang PS.  Dalam rangka menunjang praktikum, PS memiliki 5 laboratorium, yaitu Laboratorium Sistem Informasi, Laboratorium Sistem dan Jaringan Komputer, Laboratorium Sistem Cerdas, Laboratorium Rekayasa Perangkat Lunak, serta Laboratorium Basis Data dan Multimedia. Selain untuk kegiatan praktikum mahasiswa PS Teknik Informatika, Laboratorium ini juga melayani praktikum mahasiswa dari luar prodi di UIN Sunan Kalijaga dan kegiatan pengabdian kepada masyarakat. Laboratorium ini juga digunakan untuk kegiatan Kelompok Studi (studi club) mahasiswa di luar jam praktikum.

Kegiatan pembelajaran juga didukung oleh keberadaan perpustakaan di tingkat Fakultas dan UPT Perpustakaan Universitas, akses internet yang sangat besar kapasitasnya serta tersedianya sarana LCD Proyektor di setiap ruang kuliah.  Adanya fasilitas pendukung ini diharapkan proses pembelajaran dan suasana akademik dapat ditingkatkan kualitasnya. Setiap Laboratorium juga sudah terkoneksi Internet, sehingga mahasiswa dalam melaksanakan praktikum maupun penelitian tugas akhir dapat berjalan dengan baik. Akses internet secara wireless juga dapat dilakukan oleh civitas akademika di setiap lantai Fakultas, karena tersedianya kawasan hot spot di setiap titik gedung.